Wydawać by się mogło, że księgowość w aptece nie różni się od księgowości innych firm. Wprawdzie prawo do otwierania apteki mają od 2017 roku wyłącznie farmaceuci przy określonych ograniczeniach geograficznych i demograficznych, ale jest to w dalszym ciągu przedsiębiorstwo, prowadzone jako jednoosobowa działalność gospodarcza, spółka jawna lub partnerska.
Apteki są opodatkowane na zasadach ogólnych według skali podatkowej lub liniowo według stawki 19% – ryczałtowa forma opodatkowania jest tutaj wykluczona. Teoretycznie, apteka może skorzystać ze zwolnienia podmiotowego z VAT, o ile jej obroty nie przekroczą ustalonej prawnie kwoty. Jednak z uwagi na wysokie koszty działalności oraz konieczność zakupu towarów u podmiotów zewnętw firmach zewnętrznych, większość właścicieli aptek wybiera bycie vat-owcami. Decyzje, dotyczące opodatkowania apteki, warto podjąć w oparciu o opinię wykwalifikowanego księgowego – w ten sposób można znaleźć najkorzystniejszą formę opodatkowania w każdym, indywidualny przypadku.
Najwięcej komplikacji rodzi fakt, że apteka uzyskuje przychód nie tylko ze sprzedaży leków i materiałów medycznych, ale także z refundacji niektórych leków przez Narodowy Fundusz Zdrowia. Prawidłowe zaksięgowanie wpływów pochodzących od osób prywatnych, dokonujących zakupów w aptece oraz tych z NFZ-u i terminowe naliczenie od nich podatku VAT to jedno z wyzwań, stojących przed księgowością obsługującą branżę farmaceutyczną. Warto dodatkowo wspomnieć, że lista leków refundowanych stale podlega modyfikacjom.
Usługi rachunkowe dla aptek powinno prowadzić zaufane biuro księgowe, posiadające merytoryczne przygotowanie do współpracy z tą skomplikowaną branżą. Ważne jest, aby posiadało ono wypracowane metody prowadzenia ksiąg rachunkowych dla aptek i punktów aptecznych, doświadczenie w sporządzaniu rozliczeń dla Urzędu Skarbowego oraz bieżącą znajomość prawa farmaceutycznego. Wysokie kwalifikacje, sumienność i dokładność księgowego gwarantują, że księgowość apteki będzie prowadzona w sposób prawidłowy, zgodny z obecnymi wymogami i nie stanie się źródłem problemów dla jej właściciela.
